1. InnoDB 不支持 FULLTEXT 类型的索引。
  2. InnoDB 中不保存表的具体行数，也就是说，执行 select count() from table 时，InnoDB 要扫描一遍整个表来计算有多少行，但是 MyISAM 只要简单的读出保存好的行数即可。注意的是，当 count() 语句包含 where 条件时，两种表的操作是一样的。
  3. 对于 AUTO_INCREMENT 类型的字段，InnoDB 中必须包含只有该字段的索引，但是在 MyISAM 表中，可以和其他字段一起建立联合索引。
  4. DELETE FROM table 时，InnoDB 不会重新建立表，而是一行一行的删除。
  5. LOAD TABLE FROM MASTER 操作对 InnoDB 是不起作用的，解决方法是首先把 InnoDB 表改成 MyISAM 表，导入数据后再改成 InnoDB 表，但是对于使用的额外的 InnoDB 特性(例如外键)的表不适用。

另外，InnoDB 表的行锁也不是绝对的，假如在执行一个 SQL 语句时 MySQL 不能确定要扫描的范围，InnoDB 表同样会锁全表，例如 update table set num=1 where name like “%aaa%”